Pada 2 Jun 2009, pukul jam 7.30 pagi waktu Malaysia, bumbung utama stadium ini runtuh mengakibatkan sebuah kereta kancil milik Hanafiah Osman, (27) dan empat buah motosikal milik rakannya tertimbus. Ketika itu dia bersama empat rakannya sedang menjalankan kerja-kerja memasang lampu. Runtuhan itu membabitkan bumbung sepanjang 80 meter daripada keseluruhan 134 meter meliputi kawasan tempat duduk berbumbung termasuk pentas DiRaja. Runtuhan dipercayai bermula pada bahagian tengah stadium yang menempatkan bilik tetamu kehormat (VIP) dan tempat duduk utama termasuk pentas diraja. 17 pekerja di Pusat Boling Si Diman dan dua pengawal keselamatan berjaya menyelamatkan diri.

Kejadian ini berpunca daripada struktur bumbungnya yang tidak stabil.[5] Projek pembinaan stadium tersebut dijalankan di bawah penyeliaan Jabatan Kerja Raya Malaysia (JKR). Bumbung utama stadium ini dibina oleh kontraktor asing dari Korea Selatan semasa Menteri Besar Terengganu Idris Jusoh lagi, kemungkinan semasa pembinaannya tiada kontraktor tempatan yang layak dan berkemampuan untuk membinanya. Perkara yang sama juga didedahkan oleh Menteri Besar Trengganu, Datuk Ahmad Said pada 3 Jun 2009.[6] Dalam masa yang sama, masalah ini bertambah rumit apabila Timbalan Pengarah Kerja Raya negeri, Ir. Ghazali Hashim berkata bahawa bumbung Stadium Sultan Mizan Zainal Abidin, Kompleks Sukan Negeri di Gong Badak yang runtuh semalam tidak mendapat Sijil Siap Kerja yang dikeluarkan oleh Jabatan Kerja Raya (JKR).[7]Sehingga 30 Jun 2010, kerja-kerja pembersihan runtuhan bumbung di stadium ini masih belum dijalankan.[8]

Pada 3 Jun 2009, Menteri Belia dan Sukan, Datuk Ahmad Shabery Cheek berkata, kementerian ketika ini hanya mempunyai kuasa memantau stadium di bawah seliaannya dan bukan stadium yang dimiliki kerajaan negeri, oleh itu Akta Pembangunan Sukan 1997 akan disemak semula bagi memperluaskan bidang kuasa Kementerian Belia dan Sukan (KBS) dalam mengawal selia dan menyenggara semua stadium di negara ini.[9] Pada hari yang sama, Menteri Besar Perak, Datuk Seri Dr. Zambry Abdul Kadir mengarahkan Jabatan Kerja Raya (JKR) menubuhkan jawatankuasa khas untuk memantau tahap keselamatan bangunan sedia ada dan bangunan-bangunan baru yang akan dibina di Perak kerana ia perlu bagi memastikan kejadian bangunan runtuh seperti yang berlaku di Selangor dan Terengganu, tidak berlaku di Perak.[10] Pada 4 Jun 2009, Jabatan Kerja Raya (JKR) Terengganu sedang mengumpulkan satu pasukan jurutera untuk memeriksa tahap keselamatan tiga projek mega yang baru siap di negeri ini iaitu terminal Lapangan Terbang Antarabangsa Sultan Mahmud (LTSM) di Gong Badak, Pusat Akuatik Majlis Bandaraya Kuala Terengganu (MBKT) di Batu Burok dan Stadium Tertutup, Kompleks Sukan Negeri di Gong Badak[11]

Pada 9 Jun 2009, Suruhanjaya Pencegahan Rasuah Malaysia (SPRM) telah mempunyai nama beberapa individu yang akan diambil keterangan bagi siasatan kes keruntuhan sebahagian bumbung stadium bagi meneliti pelbagai aspek berkaitan rasuah, salah guna kuasa dan penyelewengan.[12]

Pada Konvensyen Sukan Kebangsaan 2009 iaitu pada 23 Disember 2009, Pengarah Sukan Universiti Sains Islam Malaysia (USIM), Mejar (B) Md. Bahar Abd. Hamid mendedahkan terdapat banyak kemudahan sukan di negara ini menjadi ‘gajah putih’ dan dibina secara membazir sebagai contoh stadium ini dianggap seperti ‘dikebumikan tanpa ditalkinkan’.[13]

Pada 12 Mac 2010, menurut Menteri Besar Terengganu, Datuk Ahmad Said stadium ini runtuh kerana "tidak mengikut spesifikasi yang ditetapkan dalam kontrak" menjadi punca bumbung stadium itu runtuh pada 2 Jun 2009 yang lalu.[14] Menurut laporan Jawatankuasa Siasatan kejadian itu, bahan dan kualiti hasil kerja yang tidak memenuhi spesifikasi, faktor reka bentuk yang tidak memadai, bumbung yang tidak dibina dengan sempurna dan kawalan kualiti yang tidak dilaksanakan di tapak projek merupakan faktor-faktor yang menyumbang kepada keruntuhan bumbung stadium itu.[15]

Galeri

• 50% daripada bumbung sayap kanan musnah.[2]
• [16]
• [16]

Hasil siasatan JKR

Pada 7 Oktober 2009, menurut surat yang dihantar ke laman Malaysiakini.com oleh YB Dr Syed Azman Syed Ahmad ADUN Batu Buruk, Terengganu, hasil dari penyiasatan yang telah dijalankan ini taklimat telah diberikan kepada Jawatankuasa Kira-Kira Wang Negara (PAC) di bawah Parlimen Malaysia.[17]

Antara faktor yang telah dikenalpasti olh pihak JKR semasa taklimat kepada PAC adalah empat punca utama iaitu;

• Rekabentuk yang tidak memadai; perekabentuk gagal untuk mengambilkira pertimbangnan yang secukupnya terhadap keadaan penyokong kepada struktur bumbung.
• Bumbung tidak dibina dengan sempurna menyebabkan berlaku salah jajaran kepada geometri
• Kawalan kualiti tidak dilaksanakan di tapak.
• Bahan dan kualiti hasilkerja (workmanship) tidak memenuhi spesifikasi yang telah ditentukan. Mutu pembuatan komponen keluli didapati tidak bermutu dan tidak memenuhi spesifikasi yang telah ditetapkan.